Dalam keikutsertaan perdananya di Olimpiade Sains Nasional (OSN), KBS telah mampu meraih prestasi yang membanggakan. Dari 9 siswa wakil Kabupaten Bantul di ajang OSN tingkat SMA 2012 baru-baru ini di Jakarta, Elan Baskara yang merupakan siswa KBS, menjadi satu-satunya peraih medali.
Siswa KBS ini berhasil mempersembahkan perunggu dari bidang astronomi. Perunggu ini juga menjadi medali pertama bagi KBS di kompetisi sains tingkat nasional itu sejak berdirinya sekolah yang baru berusia satu tahun